プログラミング関連

Python

Multiprocessing: forkとspawnの違いを理解する

私は大量のデータ処理時にPythonのmultiprocessingでお手化並列化をしておりますが, メモリをドカ食いして計算が止まるという事象に頻繁に遭遇して悲しみに包まれておりました。 実はこれ散々既出のようで, プロセスをfo...
Python

Numpyの2次元行列からn番目に(小さな or 大きな)数値(およびそのインデックス)を抜き出す

以下のようなnumpy行列を考える。 k = np.array([[ 10, 50, 30], [ 40, 20, 10], [ 70, 80, 60]])...
RDKit (ChemInformatics)

[RDKit]ringMatchesRingOnlyとcompleteRingsOnlyの違い

目的 RDKitには2つの分子構造間の共通構造を抽出するMaximum Common Substructure (MCS)が搭載されている。このMCSに環状構造の取り扱いを規定するオプションringMatchesRingOnlyとc...
Docker

Dockerイメージをスパコン上のSingularityで動かしたい

モチベーション 前回の記事でDocker上に自作の環境を作成した。こいつをスパコン上で動かそうと思ったのだが, 1ユーザーにSudo権限が付与されているはずもなくDockerがインストールできず途方に暮れる。 -> スパコン上...
AutoDock Tools

Mac OSX Catalinaに導入したDocker上でAutoDock Toolsを動かす

背景 AutoDockを使うにはAutoDock Toolsを導入しなければならない。しかしAutoDock ToolsはMac OSX Catalinaでは動かない。 ならばDocker上で動かしてやろうではないか, という...
RDKit (ChemInformatics)

RDKitのFingerprintを使って分子類似性を算出する

目的 RDKitでFingerprintを活用して分子類似性を算出する方法をまとめる。この手の手法は多く存在するが状況に応じて使い分けるべきだと思っている。そこで今回は各手法の結果を図示することでおおよその傾向を掴むことを目的とする...
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