Docker

Dockerイメージをスパコン上のSingularityで動かしたい

モチベーション 前回の記事でDocker上に自作の環境を作成した。こいつをスパコン上で動かそうと思ったのだが, 1ユーザーにSudo権限が付与されているはずもなくDockerがインストールできず途方に暮れる。 -> スパコン上...
AutoDock

AutoDockでドッキング計算をする

目的 AutoDockを用いたドッキング計算方法の流れを理解する AutoDock Vinaを選定した理由 以前に「AutoDock Vinaでドッキング計算をする」という記事でAutoDock Vinaの使い方を記載し...
AutoDock Tools

Mac OSX Catalinaに導入したDocker上でAutoDock Toolsを動かす

背景 AutoDockを使うにはAutoDock Toolsを導入しなければならない。しかしAutoDock ToolsはMac OSX Catalinaでは動かない。 ならばDocker上で動かしてやろうではないか, という...
クワガタ・カブトムシ

本土ヒラタクワガタ飼育記2020:幼虫飼育編

2020/10/26 幼虫をビンに投入 20匹居た幼虫は割り出し後に1週間ほど割り出し後のマットをスカスカに詰めたプリンカップで管理していたのだが, マットがスカスカだったのがまずかったらしく拒食によるブヨブヨ病で8匹も落ちてしまっ...
AutoDock Vina

AutoDock Vinaでドッキング計算をする

目的 AutoDock Vinaを用いたドッキング計算方法の流れを理解する AutoDock Vinaを選定した理由 ドッキングソフトウェアはDOCK, AutoDock, AutoDock Vinaなど様々あるがそれぞ...
RDKit (ChemInformatics)

RDKitのFingerprintを使って分子類似性を算出する

目的 RDKitでFingerprintを活用して分子類似性を算出する方法をまとめる。この手の手法は多く存在するが状況に応じて使い分けるべきだと思っている。そこで今回は各手法の結果を図示することでおおよその傾向を掴むことを目的とする...
クワガタ・カブトムシ

本土ヒラタクワガタ飼育記2020:採集および採卵編

コロナによる在宅勤務中に貴重な地元産ヒラタクワガタを捕獲した。せっかくなのでブリードに挑戦することにした。 2020/08/25 ヒラタ♂捕獲 もう採集シーズンも終りに近い8月末, 15年ぶりくらいに気まぐれで近所の雑木林に出...
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