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中庸のすすめ(過剰な情報を絶つ)

この記事は主に自戒を込めて書いたクソ記事である。 中庸とは >中庸(ちゅうよう)とは、儒教において、「四書」の一つであり、またその中心的概念の一つである。略>『中庸』の「中庸」 「中庸」の『中』とは、偏らない、しかし、決して大...
Docker

Dockerイメージをスパコン上のSingularityで動かしたい

モチベーション 前回の記事でDocker上に自作の環境を作成した。こいつをスパコン上で動かそうと思ったのだが, 1ユーザーにSudo権限が付与されているはずもなくDockerがインストールできず途方に暮れる。 -> スパコン上...
Docker

Dockerを導入した

タイトル画像はClker-Free-Vector-ImagesによるPixabayからの画像です。 モチベーション 自分のメインPCが停電に見舞われAnacondaの環境が破壊された。頑張って復元しようとしたが手の施しようがな...
AutoDock

AutoDockでドッキング計算をする

目的 AutoDockを用いたドッキング計算方法の流れを理解する AutoDock Vinaを選定した理由 以前に「AutoDock Vinaでドッキング計算をする」という記事でAutoDock Vinaの使い方を記載し...
AutoDock Tools

Mac OSX Catalinaに導入したDocker上でAutoDock Toolsを動かす

背景 AutoDockを使うにはAutoDock Toolsを導入しなければならない。しかしAutoDock ToolsはMac OSX Catalinaでは動かない。 ならばDocker上で動かしてやろうではないか, という...
クワガタ・カブトムシ

本土ヒラタクワガタ飼育記:幼虫飼育編

2020/10/26 幼虫をビンに投入 20匹居た幼虫は割り出し後に1週間ほど割り出し後のマットをスカスカに詰めたプリンカップで管理していたのだが, どうもマットがスカスカだったのがまずかったらしく拒食で8匹も落ちてしまった。大反省...
AutoDock Vina

AutoDock Vinaでドッキング計算をする

目的 AutoDock Vinaを用いたドッキング計算方法の流れを理解する AutoDock Vinaを選定した理由 ドッキングソフトウェアはDOCK, AutoDock, AutoDock Vinaなど様々あるがそれぞ...
Python

Network X 2.0に入門する

目的 グラフ理論を利用したアルゴリズムを書く必要が出てきたので何ができるのか軽くおさらいしておく。 参考サイト 【Python】NetworkX 2.0の基礎的な使い方まとめグラフ理論とNetworkXグラフの構造と種類...
機械学習による競馬予測

機械学習で競馬予測をしたい

目的 私は競馬が好きである。しかし競馬はうまくない。そして私は機械学習を勉強したいと思っている。何かを勉強するには手を動かしながら学ぶのが一番である。つまり競馬の順位を機械学習で予測するアルゴリズムを組むことで, 私の抱える課題が一...
RDKit (ChemInformatics)

RDKitのFingerprintを使って分子類似性を算出する

目的 RDKitでFingerprintを活用して分子類似性を算出する方法をまとめる。この手の手法は多く存在するが状況に応じて使い分けるべきだと思っている。そこで今回は各手法の結果を図示することでおおよその傾向を掴むことを目的とする...
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