生活

いろいろやめてみる

動機 一日は24時間。有限。やりたいことを詰め込むには大してやりたくもないのにやってることをやめるのが良いと思った(カラッポの方が夢詰め込める) どうやってやめるか 辞めるといって簡単に辞められるとは思えないそれはたばこ...
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依存症と戦う

依存するものは楽しい。SNS・酒・タバコ・ギャンブル・ゲームが巨大市場であることを考えるといかに人間は依存しやすいかよく分かる。でもこういうものに依存した人生では死ぬ時に多分後悔すると思う。 短い人生, せめて自分の満足行くようなも...
Python

Multiprocessing: forkとspawnの違いを理解する

私は大量のデータ処理時にPythonのmultiprocessingでお手化並列化をしておりますが, メモリをドカ食いして計算が止まるという事象に頻繁に遭遇して悲しみに包まれておりました。 実はこれ散々既出のようで, プロセスをfo...
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Numpyの2次元行列からn番目に(小さな or 大きな)数値(およびそのインデックス)を抜き出す

以下のようなnumpy行列を考える。 k = np.array([[ 10, 50, 30], [ 40, 20, 10], [ 70, 80, 60]])...
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Protect 1Focus from being Force Quit

1Focus works on Mac OS, and it is pretty good software which prevents us from procrastinating. It blocks designated web...
日記

現状の把握 2021/03/14

なんとなくこのままじゃダメなんじゃないかなあというぼんやりとした不安を感じたので現状を整理し今後の方針を建てる。 最優先すべきは業績 研究対象はタンパク質の分子シミュレーション研究者の評価は業績によってのみ判断される論文として...
M1 MacBook Pro (2020)

M1 Macbook Pro (2020)を購入した

M1 Macbookの16GB RAM, 512GB SSDを購入した。結論から言うと早く購入するべきであった。27インチ4Kディスプレイと併用して使っているが遅延などは一切なく快適そのものである。 購入前には心配していたアプリの対...
応用数学

「これなら分かる応用数学」著:金谷健一を読んだ

自分の数学に対する理解の浅さに絶望したので, 「これなら分かる応用数学」を読んだ。結論から言うと, これならよく分かると思う。 良い点 応用数学と題してある通り過度に抽象化された数学は扱っておらず, 幾何学的な説明が随所に散り...
クワガタ・カブトムシ

スジブトヒラタ飼育記:幼虫飼育編

2020/10/21 幼虫購入&ビンに投入 本土ヒラタ用に詰めておいたシワタケ菌床が沢山余っていた。そこで食性が近く, 交雑の心配がなく, かつ成虫が美しいスジブトヒラタを飼おうと思うに至り, ヤフオクで奄美大島産のスジブトヒラタの...
RDKit (ChemInformatics)

[RDKit]ringMatchesRingOnlyとcompleteRingsOnlyの違い

目的 RDKitには2つの分子構造間の共通構造を抽出するMaximum Common Substructure (MCS)が搭載されている。このMCSに環状構造の取り扱いを規定するオプションringMatchesRingOnlyとc...
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